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当生物个体质量相同时，爬行动物的脑容量明显不如哺乳动物和鸟类，甚至小型爬行动物也无法与两栖动物相比。但至少有一点是足够清楚的：爬行动物的智力是哺乳动物和鸟类完全无法比拟的。

神经学专家保罗麦克莱恩曾提出人脑三位一体理论，即爬行动物大脑、古代哺乳动物大脑、理性大脑三位一体，共同构成了完整的人脑。其中，爬行动物大脑，又称原始大脑，是最早出现的大脑成分。保罗称之为“R复合体”，由脑干延髓、脑桥、小脑、中脑和最古老的基底神经节苍白球和嗅球组成。

对于爬行动物来说，脑干和小脑起着控制物种行为的作用，主要控制身体的肌肉、平衡和自动功能，例如呼吸和心跳。大脑的这一部分仍然活跃，即使在深度睡眠时也不会停止工作。在爬虫类大脑的控制下，人类和这些爬虫类会出现类似的行为：比如发呆、偏激、冲动、惯性等。原始大脑负责人类最基本、最原始的行为，就像“印记”一样。祖先在原始时代生存的经历都印在记忆里。”

爬行动物的小脑比两栖动物大，但不如鱼类发达，所以爬行动物有行动缓慢的习性。水生爬行动物的小脑一般发育良好，其后缘一般覆盖长形菱形窝的前半部。鳄鱼的小脑两侧甚至开始分化为一对小脑耳，是鸟类和动物的蠕虫状。以及小脑卷曲的前身，其功能与平衡有关。